Antonio Magariños Garcia nació en Madrid el 4 de febrero de 1907. Fue el segundo de los tres hijos de Manuel Magariños Mera e Ignacia García del Pozo. Su padre había nacido en Madrid pero era hijo de humildes emigrantes gallegos. Su madre era madrileña, y como solía contarles a sus hijos, descendían de varias generaciones de madrileños.
Manuel Magariños era delineante y la familia debió de llevar una vida relatviamente acomodada. Sin embargo, Manuel murió prematuramente en 1912, dejando a Ignacia García viuda con dos hijos, Antonio, de cinco años, y Carlos, de tres. El hijo mayor, Manolín, como le llamaban en casa, había fallecido en 1909.
En este retrato tomado el día de la celebración de la primera comunión de Antonio Magariños, le vemos junto a su hermano Carlos Magariños y sus primos Santiago y Ramón Magariños Mera. Lo más probable es que su tío, Emeterio Magariños, hermano de Manuel Magariños, corriera con los gastos del celebración.
Ante la falta de recursos económicos, Ignacia García se vio obligada a ingresar a sus hijos en colegios internos. Antonio Magariños ingresó en el Seminario de Madrid y el pequeño, Carlos Magariños, en el Real Colegio de San Ildefonso.
Antonio Magariños estudió en el Seminario de Madrid durante casi seis años. A la edad de dieciocho, lo abandona para iniciar sus estudios universitarios.