Nada más terminar la guerra, pasa a integrarse en el equipo formado para dar vida al recién creado Instituto Ramiro de Maeztu, institución insignia de la Enseñanza Media española. Inmediatamente se encarga de la Jefatura de Estudios, que ocupará durante veinte años.
Escudo del Ramiro de Maeztu, diseñado en 1951 por los profesores del instituto don Frutos Aragoneses Moreno y Antonio Cobos Soto.
Es en esa época cuando Antonio Magariños contrajo matrimonio con Pilar Ramón Llera, cuya hermana Dolores Ramón Llera, era la esposa de Carlos Magariños, el hermano de don Antonio.
De izquierda a derecha: Carlos Magariños, Antonio Magariños, Pilar Ramón y Dolores Ramón.
Es nombrado director del Internado Hispano-Marroquí en el año 1942. Más adelante, también se hará cargo de la dirección de la Residencia Generalísimo Franco.
En 1948 funda el Club Estudiantes de baloncesto, como pieza fundamental de su concepto integral de la formación de los alumnos de bachillerato.
Mantiene una constante colaboración con el Consejo Superior de Investigaciones Científicas y, en 1952, edita su mejor libro: “Desarrollo de la idea de Roma en su Siglo de Oro”. Sus artículos y reseñas continúan apareciendo en las revistas de filología clásica hasta el mismo año de su muerte.
En 1954 viaja a Santiago de Chile y representa a España en el Seminario Interamericano de Educación Secundaria (diciembre 1954 – enero 1955).
Revista Educación (Abril de 1955)
Es en 1955 cuando consigue que los estudios nocturnos de bachillerato sean una realidad. Ello supone el acceso a la enseñanza oficial de la clase obrera. El 30 de noviembre de 1956 es nombrado Director Técnico de los estudios nocturnos del Instituto Ramiro de Maézu (BOE 15 de abril de 1957). Desde entonces hasta el fin de su vida permanecerá al frente de ellos.
De 1954 a 1955 fue Jefe del Gabinete Técnico de la Dirección General de Enseñanza Media.
En 1959, una seria enfermedad cardiaca le obliga a guardar cama durante tres meses. Cuando se reincorpora a sus clases, su salud le impide seguir ejerciendo como Jefe de Estudios.
En 1961 se le concede la Gran Cruz de Alfonso X el Sabio.
Dos años más tarde, en 1963, la Asociación de Antiguos Alumnos le rinde un afectuoso y emotivo homenaje.
La última etapa de su vida es de un esfuerzo constante contra la dura enfermedad. Los últimos días de su vida son un ejemplo, aún mayor, de cumplimiento del deber, asistiendo puntualmente a clase y al Congreso de Estudios Clásicos, que se estaba celebrando en esas fechas.
El lunes 4 de abril de 1966, en plena Semana Santa, fallece, siendo enterrado en la sepultura familiar en el Cementerio de Nuestra Señora de la Almudena.
